台湾东森幼幼台频道形象一向优良，“哈姆太郎”、“天线宝宝”等节目也被评选为五星级优良儿童节目，但“妹妹公主”演出落榜高中生海神航和12个妹妹的故事，却引起家长抗议。海神航和12个没有血缘的“妹妹”，在希望之岛上相处，妹妹们为哥哥做饭盒、和哥哥玩“结婚游戏”，说出“我是心爱哥哥的新娘”等台词，被家长指出隐含男尊女卑的意识型态，还有兄妹乱伦之嫌。

　　人气卡通“库洛魔法使”也遭波及，剧情中女主角小樱的同学李小狼，对小樱哥哥的同学雪兔有“特殊感应”，被家长解释为是同性恋表现。台湾东森幼幼台台长陈进喜表示，“妹妹公主”争议的确比较大，现已暂时停播，至于“库洛魔法使”呈现的是小学生对大哥哥的仰慕，并非同性恋。陈进喜坦言，“库洛魔法使”中小樱和小狼的恋情也曾被家长指出“小朋友谈恋爱？好象怪怪的。”但是其实卡通只是以搞笑方式描写小学生纯纯的爱情。

　　陈进喜说，台湾东森幼幼台观众族群从学龄前的小朋友到爸妈都有，不管播出什么内容，都会接到抱怨，“妹妹公主”停播后，也有网友有不同的看法，他们认为，看卡通就是要放松，希望幼幼台复播。陈进喜表示，日系卡通特质本来就是老少咸宜，幼幼台曾播放“妹妹公主”试看带给小学2、3年级生观看，他们也都表示好看。但是既然家长觉得有问题，电视台会多注意内容，未来仍将以购买富教育意义的卡通为主，“妹妹公主”则可能转台在东森电影台播出。