质疑：一、是否具备认证资格？在国务院认证认可监督委员会下属的认证机构目录中，并没有全国牙防组。二、认证带有商业交易性质？牙防组在公益宣传活动中的赞助费来源于企业赞助，在认证过程中是否带有某种商业交易的性质？三、牙防组是什么组织？至今，对牙防组的机构性质，张也没能给出明确说法。四、已停止认证3年？从牙防组当前的官方网站上仍可看到，从2005年至今，该组织一认证4例新产品。

牙防组副组长张博学在“全国牙防组认证遭质疑说明会”上这样说：
全国牙防组的认证工作不属于违法行为。这也是国家认证认可监督管理委员会有关领导的意见。这个“认证”，是与国家出台认证认可条例后现代意义上的“认证”不同的。
并不是企业给我们钱，我们就给他们合格认证。我们认证在先。合格企业的捐赠我们接受，不合格企业的捐赠不会接受。
牙防组开展的工作完全是为了老百姓，是一种责任驱使，卫生部对我们的工作是给予高度评价的。我们都是无私奉献的。中国有了牙防组是中国老百姓的荣幸……